1.网络购物诚信危机
通过计算机网络来进行这些商业活动，电子商务虽然在诸多方面对传统商业交易有所改进，但在商业信用问题上仍然没有彻底得到改观，尤其我国市场还不很成熟，假冒伪劣商品泛滥，而网上交易又不能让消费者对商品亲自试用鉴别，所以有许多消费者对电子商务望而却步。随着互联网的不断发展，诚信已成为人们探讨网络购物最关注、最根本的问题。供需双方的网上交易，相互信任是成交的基石。电子商务虽然在诸多方面对传统商业交易有所改进，但在商业信用问题上仍然没有彻底得到改观，使网络购物面临着极其严重的信任危机。据第15次CNNIC调查结果显示,对互联网的信任程度,4.5%的网民完全信任,52.8%的网民比较信任,32.2%的网民半信半凝,9.9%的网民不太信任,0.6%的网民完全不信任。网民尚且如此,何况一般消费者。
2.网络安全问题
对电子商务交易安全的担心，是严重制约我国电子商务发展的第一大瓶颈，安全问题是实施电子商务的首要问题,也是最重要的问题。电子商务的运作，涉及诸多方面的安全问题，资金安全、信息安全、货物安全、商业秘密安全等等。安全问题如果不能妥善解决,电子商务的实现就是一句空话。许多用户不愿进行网上交易，也是因为对网上交易的安全性、可靠性持怀疑态度。电子商务面临的安全威胁主要有：信息在网络的传输过程中被截获、传输的文件可能被篡改、伪造电子邮件、假冒他人身份、不承认已做过的承诺，抵赖。因此，从技术上保证交易数据的安全已成为电子商务发展中至关重要的问题。安全问题是应用电子商务最担心的问题，而如何保障电子商务的安全，将一直是电子商务的核心研究领域。
3.法律问题
由于电子商务是一个全新的发展中的商务模式，全球对电子商务都没有标准的法律文献。虽然我国相继出台了《互联网信息服务管理办法》、《互联网电子公告服务管理规定》、《互联网从事登载新闻业务管理暂行规定》等相关法规，但是和网络经济发展的要求相比还有不小的差距。如电子商务操作的基本规则方面的法律问题、电子商务安全性方面的法律问题、信息基础设施和市场准入方面的法律问题、电子商务中的知识产权保护、司法管辖及法律冲突、电子商务中的税赋和关税问题等。 Internet是一个缺乏警察的信息公路，它缺少协作和管理，信息的跨地区和跨国界的传输又难以公证和仲裁，而如果没有一个成熟的、统一的法律系统进行仲裁，纠纷就难以解决。
4.物流问题
电子商务高效率和全球性的特点，要求具有与之相配套的物流服务。而我国物流业发展相对滞后，这是制约我国电子商务发展的又一个瓶颈因素。物流问题是发展我国电子商务，尤其是B2C的电子商务所必须解决的一个大问题。电子商务的优势在于开放便捷，这主要是因为其交易基本是基于互联网来进行。但整个交易链条中无法回避的环节就是货的配送问题，这是无法在互联网上进行的。这就要求能提供良好的物流作为配送的保障。我国现代物流的起步较晚，水平也相应较低，还难以对电子商务提供优质的保障。在国内现有的电子商务活动中，物流基本只是被动地参与，使得原本不多的物流资源也没有被充分、合理地利用，就更加造成了电子商务饱受物流的困扰。
5.“软件”基础落后
“软件”在这里的是指人的思想意识。中国大众目前对于电子商务理念的接纳程度还不高，这一方面是因为公众对于新技术的理解程度还不到位，另一方面也是基于公众对互不见面的网上交易中诚信的担忧。这种状况如果不加以引导，将会制约了电子商务的进一步发展。另外国内一些企业由于管理、经营方式的陈旧和观念的保守，对于电子商务的热情也不高。多数企业还在为信息化的投入成本而犹豫。没有认识到对一个企业而言，电子商务的运作将会大幅度地降低企业的经营成本，有效地提高企业经营管理的效率。现代企业如果不能顺应这种改变，将很难在未来的商业竞争中站稳脚跟。